简短回答：

插件不修改现有文件，而是通过公开的API连接到WordPress

http://codex.wordpress.org/Plugin_API

例如，函数get_option() 从数据库中读取站点选项。在这个函数中采取任何实际行动之前，WordPress会调用apply_filters( \'pre_option_\' . $option, false ). 有选择权foobar, 插件可以使用以下代码覆盖此选项的真值：

function override_foobar( $unused ) {
    return \'My custom value.\';
}
add_filter( \'pre_option_foobar\', \'override_foobar\' ); // add_filter(hook, function)

另见http://adambrown.info/p/wp_hooks/.

插件修改数据库

如果WordPress数据库用户仍然拥有该权限，插件可以修改数据库。一些更复杂的插件添加了自己的表。一个插件可能会修改核心表，希望他们能够负责任地这样做，并且如果插件被删除，不会破坏任何东西。

这必须逐个插件进行检查。

卸载插件deactivate_plugins() 函数调用操作do_action( \'deactivate_\' . trim( $plugin ) ). 如果在停用插件时需要发生特定的事情，插件应该挂接到此操作。根据我的经验，很少有插件会进行大量的停用清理，即将其设置放在冷库中以防再次激活。