两个选项：

子主题分发计划更新的一组主题。自动更新将替换此主题，因此不应自定义此主题。在其上构建一个子主题以保存自定义项。

一个很好的例子是Genesis Framework. Genesis是一个高级的父主题，生活在您的/themes/ 目录，偶尔由StudioPress的团队自动更新。不过，您的live站点将使用继承和自定义Genesis行为的子主题。

主题选项（Theme Options）

这些选项将与主题分开存在，并且不会被主题更新覆盖。

Note: 这不是一个最佳的解决方案，因为它分离了主题定义的一部分并将其存储在数据库中。虽然它可以完成你想要的一些东西，但我强烈推荐儿童主题路线。

看起来有人在谈论3.2路线图，即改进升级系统，使其只影响更改的文件，但这还有很长的路要走，可能只会影响核心升级。插件和主题升级确实会删除整个文件夹并覆盖它。