Super Admin is your friend! 如果某个插件在超级管理员（也称为网络管理员）中未处于活动状态，则它不会显示为单个博客的选项。

It basically works like this:

安装为超级管理员（主站点）并且“网络活动”将在网络上的所有博客上处于活动状态。安装在超级管理员上，处于活动状态，但NOT “网络活动”仅在主/父站点上活动

如果您只想在少数几个站点上安装它，那么只需像通常那样手动安装插件即可。多站点上的每个WordPress实例都被视为自己的站点，因此在一个站点（主站点除外）上安装插件不会在其余站点上安装插件。

EDIT:

根据您的评论，我将确保用户具有上载/激活插件的正确角色。您必须在每个站点中单独创建一个用户，或将现有用户添加到该站点。

您也可以尝试以下插件http://wordpress.org/extend/plugins/multisite-plugin-manager/ 看看情况如何。