在某些情况下，必须更新permalink结构，以便在查看自定义帖子类型的帖子时访问新模板文件。要执行此操作，请转到“管理面板”>“设置”>“永久链接”，将永久链接结构更改为其他结构，保存更改，然后将其更改回所需的结构。

从…起http://codex.wordpress.org/Post_Types#Custom_Post_Type_Templates

这可能是WP中的错误吗？

不是测试，但应该是这样的。

function wpse_115432_template_redirect() {
    global $post;

    if ( \'agenda\' != $post->post_type && \'draft\' != $post->post_status )
        return;

    $template_path = TEMPLATEPATH . \'/\' . "single-agenda.php";

    if ( !file_exists( $template_path ) )
        return;

    include($template_path);
}
add_action(\'template_redirect\', \'wpse_115432_template_redirect\');