正如@N00b提到的是，添加JS脚本是安全的，只要它不包含任何敏感信息。JS完全暴露于客户端，无论如何都不应该这样做。

但在您的情况下，最好创建一个特定于站点的自定义插件，并使用它添加JS。

示例：

function themeslug_enqueue_style() {
    wp_enqueue_style( \'core\', \'style.css\', false ); 
}

function themeslug_enqueue_script() {
    wp_enqueue_script( \'my-js\', \'filename.js\', false );
}

add_action( \'wp_enqueue_scripts\', \'themeslug_enqueue_style\' );
add_action( \'wp_enqueue_scripts\', \'themeslug_enqueue_script\' );