如果我从配置中禁用wp cron，自动更新是否仍然有效？

不，预定的帖子、临时清理、30天后的垃圾清理或自动插件更新，以及其他一些事情也不会。任何依赖于定时或计划活动的活动都将中断。

看起来您已经知道了解决方案，但真正的解决方案是确定哪些cron作业使用了如此多的CPU，并修复它们。将cron的运行方式从WP cron更改为crontab将带来有限的缓解。